Neto de alemães, Werner nasceu em Porto Alegre, mas foi criado entre Novo Hamburgo e São Leopoldo. Começou a fazer teatro aos quinze anos, primeiramente na escola e depois no Grupo Faltou o João, no qual estreou em 1979 com o texto de sua autoria "Forca: os fortes", apresentado em direção coletiva.

Aos 18 anos, passou a morar em Porto Alegre, onde se graduou em História pela UFRGS. Ao mesmo tempo em que seguia seu trabalho em teatro, foi professor de História numa escola de ensino médio (1980-83) e assinou uma coluna semanal sobre cinema no Jornal NH, de Novo Hamburgo (1981-85). Neste mesmo período, ligou-se ao Grupo Vende-se Sonhos e à turma de jovens cineastas de Porto Alegre, que em três anos realizou três longas-metragens em super-8. Werner foi ator em "Deu pra ti anos 70" (1981), estreou como roteirista e diretor em "Coisa na roda" (1982) e foi o protagonista de "Inverno" (1983). Os filmes foram premiados como Melhor Filme Super-8 em três edições consecutivas do Festival de Gramado.

Nos anos seguintes, o mesmo grupo de realizadores e atores produziu mais três longas, agora na bitola profissional de 35 mm e com lançamento nos cinemas. Werner foi o protagonista de "Verdes anos" (1984), escreveu e dirigiu "Me beija" (1984, prêmio de Melhor Direção no Festival de Brasília) e fez a voz de um dos personagens principais de "Aqueles dois" (1985). A partir de 1985, começou a trabalhar também com publicidade, dirigindo filmes comerciais e institucionais.

Seu filme seguinte, "O mentiroso" (1988), voltou a ser premiado em Brasília, desta vez como Melhor Filme. Um pouco antes (1987), Werner foi um dos fundadores da Casa de Cinema de Porto Alegre, da qual se desligou em 1991. Nos anos 1990, voltou a trabalhou como diretor de publicidade e na direção de campanhas políticas para a televisão.

Com atuação na política cinematográfica, foi presidente da associação de cineastas do Rio Grande do Sul (APTC/RS, 1997-99) e em seguida da Fundacine, Fundação Cinema RS (1999-2001), tendo sido responsável pela organização, em junho de 2000, em Porto Alegre, do terceiro Congresso Brasileiro de Cinema, onde surgiu o projeto de criação da Ancine .

Na RBS TV, retransmissora local da Rede Globo, dirigiu, atuou e fez locução de programas especiais, e foi apresentador da série "Curtas Gaúchos" em 2001. No mesmo período, foi chamado para fazer o papel do General Netto no filme "Netto perde sua alma", de Tabajara Ruas e Beto Souza. Por esta atuação, foi mais uma vez premiado em Brasília, agora com o Troféu Candango de Melhor Ator, e chamou a atenção da Rede Globo, que o contratou para interpretar outro líder da Guerra dos Farrapos, o General Bento Gonçalves, na minissérie "A Casa das Sete Mulheres" (2003).

Assim, depois de mais de 20 anos de carreira, o ator tornou-se nacionalmente conhecido, passando a fazer parte do elenco fixo da maior emissora do país. Desde então, fez sete telenovelas, além de minisséries, episódios e várias participações especiais. Trabalhou em mais de uma dezena de filmes e voltou também a fazer teatro.